Nacional conquistó la Copa Libertadores de América en tres ocasiones —1971,^[14] 1980^[15] y 1988—,^[16] torneo en el que lidera la tabla histórica con 534 puntos considerando la edición 2013.^[17] Además, ganó en idénticas fechas la hoy discontinuada Copa Intercontinental, convirtiéndose en el primer tricampeón mundial invicto y el primero en ganar este torneo desde que se disputó en Tokio.^{[18] [19] [20]} Es el único club uruguayo en haber obtenido la Copa Interamericana —1972^[21] y 1989—^[22] y la Recopa Sudamericana, competición de la cual es el primer campeón de la historia, al ganar la edición de 1989.^[23]
En el ámbito local, obtuvo en cuarenta y cuatro ocasiones el título de Campeón Uruguayo, logrando el récord de once campeonatos en el amateurismo, y 33 desde el inicio del profesionalismo.^[24] Además salió primero en los campeonatos de 1925 y 1948, pero no se le otorgó el título de "Campeón Uruguayo" porque ambos torneos no culminaron.^{[25] [26]} También tiene el récord de haber mantenido la categoría desde su debut en 1901. En total, posee 149 títulos oficiales, de los cuales 128 son nacionales y 21 internacionales, lo que lo convierte en el club con más títulos oficiales del país.^[27] Además de los 44 campeonatos uruguayos,^{[28] [29]} es el club que ha ganado más títulos organizados por la AUF al tener en cuenta otros torneos.^{[30] [31]} Posee veintiún títulos internacionales oficiales, de los cuales nueve corresponden a torneos organizados por Conmebol y FIFA y doce a torneos organizados conjuntamente entre la AFA y la AUF, siendo el club uruguayo con más títulos a nivel internacional